深锥浓缩机的运行主要在于泥床的控制，并且进料量与出料量必须保持平衡，进出料的不平衡将使泥床高度出现波动。较高的泥床容易造成大井溢流水的跑浑，扭矩报警灯不利于生产的现象。
较低的泥床则存在不能实现高低流浓度的可能。在前期的试车过程中，较高的泥床会实现高浓度底流的理念一直作为提高底流浓度的指导思想。但实践证明，随着泥床的升高，浓度的提高并不明显，但相应造成的不利影响却造成了二次浓缩停产。
泥床高度反而达到了17.5m，而底流浓度只有68.5%，并因为高泥床的不易控制，造成了溢流水的两次大面积跑浑，影响生产。因此，高泥床实现高浓度这一理论在一定范围内并不适用。
在浓度提高方面，深锥浓缩机自身也存在一些制约因素。深锥浓缩机在运行过程存在上清液随进料矿浆形成的环流方向旋转，此种液体的旋转现象对矿浆的沉降存在不良影响，颗粒收到多个方向的力作用从而延长了颗粒的沉降时间。
因此，进料方式的有效改变将会形成更好的浓缩效果。另外，深锥浓缩机的设计在进料井出留有自稀释窗口，理论上课讲进料矿浆进行稀释，实现45%～50%的矿浆稀释到9.5%～10%，并且进料井外侧页面高于内部液体，形成外侧上清液向进料井内部涌入，呈现进料矿浆向下压的趋势，而在现场实际运行中，并没有出现明显的外侧上清液的涌入，并且稀释后的具体浓度无法得到测量。
